### R code from vignette source 'DO.db.Rnw'

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### code chunk number 1: DO.db.Rnw:48-50
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library(DO.db)
help(DO.db)


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### code chunk number 2: DO.db.Rnw:58-65
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FirstTenDOBimap <- DOTERM[1:10] ##grab thet ten
class(FirstTenDOBimap)
xx <- as.list(FirstTenDOBimap)
DOID(xx[[2]])
        Term(xx[[2]])
        Synonym(xx[[2]])
        Secondary(xx[[2]])


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### code chunk number 3: DO.db.Rnw:82-87
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xx <- as.list(DOANCESTOR)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1:4]


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### code chunk number 4: DO.db.Rnw:98-103
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xx <- as.list(DOPARENTS)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1:4]


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### code chunk number 5: DO.db.Rnw:117-122
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xx <- as.list(DOOFFSPRING)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1]


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### code chunk number 6: DO.db.Rnw:135-140
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xx <- as.list(DOCHILDREN)
# Remove DO IDs that do not have any ancestor
xx <- xx[!is.na(xx)] 
# Display the first 4 DOID's ancestor
xx[1]


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### code chunk number 7: DO.db.Rnw:147-148
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DO_dbschema()


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### code chunk number 8: DO.db.Rnw:153-155
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DOMAPCOUNTS