MessageDigest msgDigest = MessageDigest.getInstance("SHA-256");

InputStream fis = new FileInputStream(datei);
DigestInputStream dis = new DigestInputStream(fis, msgDigest);

byte[] buffer = new byte[1024];
int read;
while ((read = dis.read(buffer)) > 0) {
   // Einlesen der ganzen Datei durch den DigestInputStream ohne sie weiter zu verwenden
}
dis.close();

byte[] digest = msgDigest.digest();
String digestB64 = new String(Base64.encodeBase64Chunked(digest));

System.out.println(digestB64);